انشئت كلية الطب المخبري مع بداية إنشاء جامعة 21 سبتمبر وقد وضعت الكلية هدفها الأسمى والأول هو الريادة والتميز والعمل على ضبط معايير الجودة في التعليم الأكاديمي والوصول الى ارقى المستويات المعمول بها عالمياً ولتحقيق ذلك فإنها تقوم بمهام متابعة وتنظيم عمل جميع الأقسام في الكلية حتى تتمكن من تحقيق رسالتها الأكاديمية بشكل مميز.
وتقدم الكلية برامج مهمة على مستوى البكالوريوس في عدد من المسارات الأكاديمية وتشمل الكيمياء السريرية ,علم الأحياء الدقيقة , علم المناعة , علم الدم , علم الطفيليات , والحشرات الطبية. وقد صممت هذه البرنامج لتناسب الاحتياجات المعاصرة للمجتمع اليمني والإقليمي والعالمي ولتواكب التطور العملي كما تعمل الكلية على تمكين الطالب من العمل والاستمرار في التطور المهني من خلال إعداده للالتحاق بالدراسات العليا بعد تخرجه من الكلية ولم يقتصر دور الكلية عند طلابها بل تقوم بتدريس عدد من المقررات الدراسية لكليات الطب البشري والصيدلة والتمريض والإدارة الطبية في الجامعة من خلال مقررات وضعت بصورة ممتازة ومتوازنة بما يتلاءم مع هذه التخصصات.
وتسعى الكلية لبناء علاقات واتفاقيات ناجحة مع المؤسسات ذات العلاقة بهدف خدمة المجتمع والمساهمة في بناء المؤسسات الوطنية كما تعمل على تنظيم انشطة علمية وثقافية وتدريبيه لطلابها بالتعاون مع المستشفيات والجامعات الأخرى والمشاركة في المؤتمرات وورش العمل المختلفة وكما تحرص عمادة واكاديميو وموظفو الكلية وطلابها على تطوير التعاون في جميع المجالات العلمية والعملية والمجتمعية ايماننا منهم بأهمية الرفع من شأن هذه المهنة وبما يساهم في رفد المؤسسات الصحية العامة والخاصة بالخريجين والخبراء وبما يحقق الخدمة للمرضى في ارجاء اليمن.